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二代测序中Duplication问题讨论

1、二代测序中的Duplication问题,即在比对基因组时,同一位置的重复读取,源于DNA分子的多拷贝。它对数据分析有负面影响,当比例过高时,可能大量数据被视为无效。Duplication Rate的计算公式为Unique Reads除以Total Reads的倒数减1。

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2、理解全外显子测序中的duplication问题,我们需要从NGS数据的产出过程开始。在这一过程中,基因组DNA提取是起点,随后通过超声打断实现随机打断。DNA片段经过末端修复,加上接头,选择特定长度的片段文库进行PCR扩增。文库上机与测序芯片上的引物结合,进行桥式PCR扩增,在芯片上形成测序所需的cluster。

3、测序PCR建库过程中,高循环污染是一个不容忽视的问题。PCR(聚合酶链式反应)虽然能够放大荧光信号,提高信噪比,从而提升测序质量,但其带来的负面问题也同样显著。因此,PCR-free技术的出现和发展显得尤为重要。

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4、由于Illumina文库开始测序之前会先以PP7接头为引物进行桥式PCR,在flowcell上生成簇,因此这样的上机定量结果是比较准确的。

5、为了更好地理解Hi-C数据,在此我们简要介绍下基于illumina平台的二代测序文库。在标准的二代文库中,DNA片段通过末端补平加A,再添加adapters。此时reads的两侧各带发卡结构P5/P7的测序接头,为了获取足够上机的DNA文库,通常还需要进行一轮扩增,扩增后的文库两端各带一种测序接头。

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6、在DNA量一定的情况下,满足一定量测序深度后,检出限存在理论极限值,单纯通过增加测序深度并不能降低检出限,盲目加大测序深度只会产生更多的重复(duplication),造成数据浪费,所以测序深度并非越深越好。

duplication和replication的区别

duplication 和replication的区别为:指代不同、用法不同、侧重点不同 指代不同 duplication:(不必要的)重复。replication:(绘画等的)复制。

Duplication和Replication的区别主要体现在它们的侧重点和应用领域。Duplication的含义:重点:强调的是对某一内容或对象的完全相同的复制。应用:在日常生活中,如复印文件或制作资料的复印件;在科学研究中,如微生物培养中对某种细菌的重复培养以获得相同性质的后代菌群。

总的来说,Duplication和Replication都涉及到复制的概念,但侧重点不同。Duplication更强调相同内容的复制,而Replication则更侧重于某一过程或结果的重复或再现。了解这两个词的差异有助于我们在不同领域更准确地使用它们。

duplication 和 replication 的区别在于前者是用原套方式重复制作的物品,质地和外形完整全相同;而后者指的是不同时间里照原物制作的物品,主要是外形相同的复制。

区分duplicatio的不同面向尽管duplication和replication在表面看似相似,它们在含义、用法和侧重点上存在着显著的区别。首先,从概念上区分,duplication通常指的是不必要的重复,可以是虚拟对象的复制,如数据备份或软件副本。

复制转录翻译

DNA复制、转录和翻译duplication的方向都是从5端到3端。DNA复制: 在DNA复制过程中duplication,两条反向平行的链作为模板,新链的合成遵循5到3的方向。前导链连续合成,而后随链则通过冈崎片段的间断合成,再由DNA连接酶拼接,但总体上也是沿着5至3的路径进行。

因此,DNA的复制过程称为半不连续复制。转录的方向:在转录过程中,RNA聚合酶沿着DNA模板链的5到3方向合成mRNA。因此,转录的方向也是5到3。翻译的方向:在翻译过程中,mRNA的5到3方向被核糖体读取,tRNA沿着mRNA的3到5方向结合,并带来相应的氨基酸。因此,翻译的方向同样是5到3。

复制(duplication)是在分子进化过程中产生新的遗传物质的主要机制。它可以定义为遗传物质的任何复制行为。复制的常见来源包括异位重组、逆转录、异倍性、多倍性和滑链错配等。转录(Transcription)是遗传信息从DNA流向RNA的过程。

翻译:蛋白质的制造工厂 翻译是遗传信息从RNA到蛋白质的直接转化。在这个过程中,mRNA作为遗传密码的载体,密码子的连续性和简并性确保了信息的灵活性。tRNA则像信使,每个分子携带着特定的氨基酸,通过三环结构的反密码子环与mRNA上的密码子配对,完成氨基酸的精确连接。

duplication n. 复制duplication;副本duplication;成倍; transcribe vt. 转录;抄写; 例句: Record and transcribe minutes of meetings. 记录并转录会议纪要。 We need volunteers to transcribe this manuscript. duplication我们需要自愿者来抄写这个文稿。

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